بررسی ویژگی‌های توپولوژیکی ژن‌های تغییر بیان یافته خون در شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین برای بیماری دیابت نوع 1
نویسندگان
چکیده مقاله:
سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول‌های بتا تولید‌کننده انسولین در پانکراس ایجاد می‌شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش‌های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می‌گردند. هدف این مطالعه، جستجوی نشانگرهای کاندید در این بیماری با بررسی ویژگی‌های توپولوژیکی زیرشبکه حاصل از تلفیق داده‌های بیان ژن و برهمکنش پروتئین-پروتئین بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، پروفایل بیان ژن سلول‌های تک هسته‌ای خون محیطی بیماران تاره مبتلا شده به دیابت از پایگاه داده Gene Expression Omnibus (GEO) دانلود و ژن‌های تغییر بیان یافته مشخص گردیدند. سپس این ژن‌ها روی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین منطبق شدند. پنج ویژگی توپولوژیکی توسط نرم‌افزار Cytoscape آنالیز شد. در نهایت از سه پارامتر مهم درجه رأس، Betweenness و Closeness centrality برای معرفی نشانگرهای کاندید استفاده گردید. یافته‌ها: با انجام آنالیز آماری، 2467 ژن تغییر بیان یافته مشخص گردیدند که 1024 افزایش و 1443 کاهش بیان داشتند. با قرار دادن این ژن‌ها در شبکه، زیر شبکه‌ای با 949 نود و 1776 یال ساخته شد. با آنالیز توپولوژیکی زیرشبکه، پروتئین‌های با درجه رأس بالا (Hub) و پروتئین‌های با Betweenness بالا (گلوگاه یا Bottleneck ) شناخته شدند. 9 پروتئین Hub-bottleneck که مرکزیت بالا (Closeness centrality) در شبکه داشتند، به عنوان نشانگرهای کاندید معرفی شدند. نتیجه‌گیری: نشانگرهای کاندید به دست آمده از شبکه با نگاه سیستماتیک، می‌توانند به عنوان نشانگرهای تشخیصی جدید و اهداف دارویی مورد بررسی بیش‌تر قرار گیرند.
منابع مشابه
بررسی ویژگی های توپولوژیکی ژن های تغییر بیان یافته خون در شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین برای بیماری دیابت نوع ۱
سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول های بتا تولید کننده انسولین در پانکراس ایجاد می شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می گردند. هدف این مطالعه، جستجوی نشانگرهای کاندید در این بیماری با بررسی ویژگی های توپولوژیکی زیرشبکه حاصل از تلفیق داده های بیان ژن و برهمکنش پروتئ...
متن کاملآنالیز شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین بر اساس ژن‌های تغییر بیان یافته در مایع مغزی نخاعی برای بیماری مالتیپل اسکلروزیس
هدف: ام.اس شایع‌ترین بیماری تخریب میلین سیستم عصبی مرکزی است. روش‌های جدید، برای فهم بهتر بیماری‌زایی و معرفی اهداف دارویی جدید ضروری می‌باشند. هدف این مطالعه، استفاده از روش شبکه زیستی به منظور شناسایی نشانگرهای کلیدی جدید درگیر در بیماری‌زایی ام.اس بود. مواد و روش‌ها: در این مطالعه، پروفایل بیان ژن مایع مغزی نخاعی مربوط به 26 بیمار تازه مبتلا شده به ام.اس و 18 فرد کنترل از پایگاه داده Array E...
متن کاملآنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول‌های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که اتانول بیان پروتئین‌ها متعددی را در سلول‌های فیبروبلاست تغییر می‌دهد. تعدادی از این پروتئین‌ها از فاکتورهای مهم در سرطان‌زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عملکردی و برهمکنش این دسته از پروتئین‌ها به منظور شناسایی مکانیسم‌های عملکردی و سرطان‌زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش‌ها: در این تحقیق با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape و الگوریتم‌های وا...
متن کاملآنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می دهد که اتانول بیان پروتئین ها متعددی را در سلول های فیبروبلاست تغییر می دهد. تعدادی از این پروتئین ها از فاکتورهای مهم در سرطان زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عمل کردی و برهم کنش این دسته از پروتئین ها به منظور شناسایی مکانیسم های عمل کردی و سرطان زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش ها: در این تحقیق با استفاده از نرم افزار cytoscape و الگوریتم های واب...
متن کاملپیدا کردنِ موتیف در شبکه های وزن دار برهم کنش پروتئین-پروتئین
شبکه های زیست شناسی، که عموماً شبکه هاِیی پیچیده و وسیع هستند، حاوی اطلاعات مهمی می باشند. امروزه نظر به پیشرفتِ قابل ملاحظه آنها ، عملیاتی بر روی این گونه شبکه ها برای استخراجِ اطلاعاتی که هر کدام از آنها دربردارند اِعمال می شود. از میان مهم ترین آنها پیدا کردن موتیف های شبکه است. موتیف به صورت الگوهایی از ارتباطات تعریف می شود که در شبکه با فراوانی بیشتری نسبت به حالت تصادفی مشاهده می شود. تحقیقات...
15 صفحه اولمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 18 شماره 1
صفحات 86- 94
تاریخ انتشار 2016-09
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023